در روش تصفیه بیولوژیکی فاضلاب  از میکرو ارگانیزم ها برای تبدیل و تجزیه مواد موجود در فاضلاب ها استفاده می شود. در این روش با استفاده از جمعیت میکروبی مواد آلی قابل تجزیه به عنوان سوبسترا یا مواد غذایی توسط باکتری های موجود استفاده می شوند. قسمتی از مواد جذب شده بوسیله ی میکرو ارگانیزم ها به آب و CO2 و سایر ترکیبات ساده تر تجزیه شده و انرژی حاصل از این واکنش بیو شیمیایی صرف فعالیت های میکرو ارگانیزم ها میشود. بخش دیگر این مواد در توده ی میکرو ارگانیزم ها ذخیره شده و جزء بافت سلولی میگردد و یا صرف فرایند رشد و تکثیر خواهد گشت. بدین ترتیب با جداسازی توده ی بیولوژیکی مواد آلاینده ی قابل تجزیه از فاضلاب جدا میگردد.

در این نوشتار فرایند های بیولوژیکی تصفیه فاضلاب را از دو منظر مورد بررسی قرار می دهیم. از لحاظ متابولیکی و مصرف اکسیژن مولکولی شاهد پنج نوع فرایند سیستم  هوازی، سیستم بی هوازی، مدل آنوکسیک، انتخابی و ترکیبی هستیم و در بحث بستر رشد نیز فرایند به سه سیستم رشد معلق، رشد چسبیده و حالت ترکیبی تقسیم می گردد.

در سیستم بیولوژیکی با فرایند رشد چسبیده ، میکروارگانیزم ها بر روی بستر یا سطح قطعاتی از جنس پلاستیک که اصطلاحا پکینگ مدیا نامیده می شوند و یا دیگر محصولات مشابه رشد می یابند و حالت چسبندگی به این اجسام را شکل می دهند.  این حجم از باکتری های فعال در سیستم تصفیه فاضلاب را که به بدنه ی پکینگ مدیای ثابت یا متحرک چسبیده اند زیست لایه یا بیوفیلم نامیده میشوند که می توانند در سیستم هوازی یا بی هوازی به افزایش راندمان تصفیه خانه نیز کمک کنند.

کارایی یک واحد تصفیه بیولوژیکی به فاکتور های گوناگونی از جمله قابلیت تجزیه پذیری بیولوژیکی پساب، میزان PH  غلظت، سمیت ، ساختار کلی شیمیایی، و وجود ترکیبات خاص بستگی دارد.تغییر هر یک از این فاکتور ها به اندازه ی بیشتر از محدوده ی نرمال و مطلوب می تواند کارایی روشهای بیولوژیک را برای تصفیه ی مناسب دچار اختلال کند .

 کاربرد فرایند بیولوژیک

در سیستم های تصفیه هوازی فاضلاب با مطالعات انجام شده تقریبا به این نتیجه می رسیم که نمیتوانیم تجزیه ی قابل توجهی را در آنتی بیوتیک ها ملاحظه کنیم. مطالعات انجام شده در مقیاس آزمایشگاهی و در مقیاس واقعی نشان می دهد برخی از آنتی بیوتیک های موجود در خاک، آب و رسوبات نسبت به تجزیه یبیولوژیکی از خود مقاومت نشان می دهند. در سیستم تصفیه بی هوازی نیز تقریبا شاهد همین روند بوده ایم.

طی تحقیقی که توسط مرکز مشاوره فناوری تصفیه اب نیو انگلند انجام گردید، ثابت شد که روش فیلتراسیون با استفاده از فیلتر شنی کند، بر روی سولفونامید و لینکو مایسین موثر نیست. عدم افزایش قابل توجه راندمان حذف آنتی بیوتیک های مورد مطالعه از جمله تایلوزین، تری متوپریم، لینکومایسین و سولفامتوکسازول، پس از گذشت مدتی از شروع بکار فیلتر ها بیانگر این مطلب است که حذف بیولوژیکی و میکروبی در مقایسه با حذف بوسیله ی جذب در  فیلتر ها از اثر گذاری بسیار پایینی برخوردار است.در واقع می توان گفت حذف آنتی بیوتیک ها در فیلتراسیون تنها از طریق جذب آنها در فیلتر های شنی است و حذف بیولوژیکی تقریبا صورت نمی گیرد.