در زمان شروع همه گیری همانند همه گیری کرونا تامین آب سالم و بهداشتی و تصفیه اصولی فاضلاب نقش مهمی در حفظ سلامت جامعه ایفا می کند.
ویروس کرونا به علت شکل ظاهری اش به ویروس تاجدار نیز معروف است. کرونا ویروس ها به چهار گروه الفا، بتا، گاما و دلتا تقسیم می شوند که کووید 19 متعلق به گروه بتا می باشد که متاسفانه بیشترین تعداد مرگ و میر را همین ویروس در بین سایر اعضای خانواده خود ثبت کرده است. شستن دست ها، خلط ، استفراغ، اسهال از منابع ورود ویروس به فاضلاب و سبب انتشار RNA این ویروس در فاضلاب می باشد به همین دلیل زمان ماند این ویروس در فاضلاب بسیار حائز اهمیت می باشد. این اتفاق نشانگر اهمیت تصفیه ی اصولی فاضلاب برای جلوگیری از اشاعه بیشتر بیماری است. شواهد نشان می دهد که افراد بیمار و ناقل، RNA این ویروس را از طریق مدفوع منتشر می کنند و درصد خیلی کم از افرادی که بهبود یافته اند و علائم تنفسی بیماری را نیز ندارند RNA ویروس در مدفوعشان یافت می شود. اینکه وجود RNA در فاضلاب با شدت گرفتن علائم بیماری ارتباط دارد یا نه هنوز اثبات نشده است اما با ازمایش فاضلاب می توان نسبت به شیوع بیماری هشدار داد. گروه کیفیت و سلامت آب موسسه ملی بهداشت ایتالیا 8 نمونه فاضلابی که در تاریخ های 3 تا 28 فوریه و 31 مارچ تا 2 اوریل 2020 در شهر میلان گرفته شده بود را مورد ازمایش قرار دادند. در دو نمونه از نمونه های گرفته شده از سیستم های تصفیه خانه ی اطراف غرب و مرکزی_ شرقی شهر میلان حضور RNA کووید-19 تایید شد.
با توجه به گزارش اخیری که در رابطه با این ویروس و سایر پاتوژن ها از ISS منتشر شده است چرخه یکپارچه آب که شامل تصفیه آب و فاضلاب است، ایمن و کنترل شده می باشد.وجود ویروس کووید-19 در فاضلاب امکان استفاده از سیستم های فاضلاب شهری را به عنوان ابزار غیرتهاجمی برای تشخیص زود هنگام شیوع ویروس پیشنهاد میکند.
در پاریس در 19 اوریل 2020، رد پای کووید 19 در اب غیر اشامیدنی شستشوی خیابان پیدا شد. تجزیه و تحلیل کمی دوره زمانی واکنش زنجیره ای پلیمراز رونویسی معکوس کمی در 23 فاضلاب خام و 8 فاضلاب تصفیه شده از 3 تصفیه خانه مرکزی، از 5 مارچ تا 7 اوریل 2020 انجام شد. تمام نمونه های فاضلاب خام برای سندرم شدید تنفسی حاد کرونا به همراه 6 نمونه از 8 نمونه فاضلاب تصفیه شده مثبت بودند. بار ویروسی فاضلاب تصفیه شده 100 برابر کمتر از فاضلاب خام بود. آب اشامیدنی که جداگانه تصفیه شده بود هیچ اثری از ویروس نداشت.
گزارشی از سازمان بهداشت جهانی WHO حاکی از بقای کرونا ویروس فقط به مدت 2 روز در آب لوله کشی دکلره شده و در فاضلاب بیمارستان ها در دمای 20 درجه سانتی گراد زنده می ماند و هیچ مدرکی وجود ندارد که آب آشامیدنی به ویروس کرونا آلوده شده باشد.
کووید 19 یک ویروس پوشیده شده با غشای خارجی شکننده است. به طور کلی ویروس های پوشیده شده پایداری کمتر و حساسیت بیشتری به اکسید کننده ها مانند کلر دارند. این ویروس به احتمال زیاد سریعتر از ویروسهای شناخته شده دارای انتقال مبتنی بر آب غیرفعال می شود.
تجزیه و تحلیل فاضلاب می تواند به طور موثر برای نظارت بر گسترش ویروس و پیش بینی شیوع اپیدمی جدید مورد استفاده قرار گیرد. اگرچه آثار RNA ویروسی در فاضلاب به خودی خود خطری برای سلامت انسان ندارد ، اما این تجزیه و تحلیل می تواند ابزاری مفید در کنترل همه گیری باشد.